1、成立的方式不同：
合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。借款合同(书面)的成立，一般由双方当事人协商一致后，双方在合同上签字(盖章)，合同成立。一般情况下，合同成立后，再开始履行，成立同履行相分离。典型的银行贷款即是按此操作的;也有个别约定合同成立即时履行的。
借条多用于民间借贷，根据民间借贷习惯，双方当事人达成一致后，在即时履行的情况下，贷款义务方向对方支付借款，则对方立即向贷款方出示(成立)借据。即贷款方持有借据，证明贷款行为肯定发生。
可见，从成立方式上看，借款合同的成立不当然同合同义务的第一次履行(支付贷款)发生必然联系;但借条的成立必然同合同义务的第一次履行(支付贷款)发生联系。
2、“持有”文书的法律意义不同
借款合同一般一式两份，双方当事人各持一份，从前述分析可知，持有借款合同，不当然具有证明约定义务是否履行(发生)的法律意义，只能证明合同成立(或生效)，证明双方达成一致意见的具体内容。
借条，一般只由借款人写就一份，并在支付贷款时向贷款人交付，所以，贷款人(债权人)“持有”借条，可以证明贷款人向借款人支付了贷款，证明借款人收到了该借款。
因此，“持有”借条同“持有”借款合同的法律意义是不一样的。
3、对是否已经还款的证明作用不同
借款是要偿还的，从理论上讲，任何借款文书都应有偿还时间(虽然实践中有未明确的，但不等于不需要偿还)。持有借款合同或借据对于证明是否还款有不同的作用。
按照民间使用借条的一般操作程序，是在借款发生(交付)时，由债务人写就、出具借条，并将借条交付给债权人持有。在债务人偿还借款时，债权人将借条退还给债务人。
因此，债权人持有借条，还可证明：债务人尚没有偿还该借款。
如果借条上有明确的偿还时间，则“持有”可分为偿还时间前持有与偿还时间后持有。在偿还时间前“持有”，不能证明债务人违约;但如果过了偿还时间，债权人仍持有该借条，可初步证明债务人没有偿还该借款，构成违约(当然，也不排除是因债权人违约原因而导致债务没有履行，所谓“提存”正是为此设计的)。因此，过了偿还时间的债权人“持有”，一般还可作为自己主张的此种证明：即证明债务人违约。
借款合同，由于该合同的“持有”同合同义务履行不发生必然联系，因此，持有借款合同，不能够用来证明债务人没有偿还借款，即使“持有”的时间已经在合同的约定还款时间之后，意图凭该“持有”合同去证明债务人没有偿还债务而构成违约事实，也是站不住脚的。
4、结论
借款合同同借据存在着上述明显的区别，其“持有”所代表的法律意义不尽相同，二者不应等同。不仅是借款合同，其他可以形成债权债务关系的合同，也与“借条”有着前述区别，在司法实践中，不能把“借条”的作用、法律意义照搬照套到“xx合同”上去。
在司法程序中，债权人用持有“借条”来证明自己的下列主张，可以成立，尽到了证明责任，达到了自己应达到的证明标准。但是否据此定案，还应经质证和允许对方提出抗辩：1、借款已交付债务人;2、债务人没有偿还借款;3、债务人超出借条上约定的偿还时间没有偿还构成违约(如果“持有”时的时间已过偿还时间)。经质证和抗辩后，如无相反证据(对方陈述除外)，司法机关应予支持其主张。
但，债权人不能用持有“借款合同”去有效证明自己的上述主张。或者，可以用“借款合同”加“本人陈述”进行立案，进行举证，但一旦对方当事人不予认可，则主张不应被司法机关支持。